Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 ramène de 3 ans à 1 an la durée pendant laquelle l'Assurance maladie verse des indemnités journalières aux salariés en affection de longue durée (ALD) non exonérante. Applicable dès le 15 octobre 2026, la réforme conduit les employeurs à revoir la gestion des arrêts maladie de longue durée, du maintien de salaire à la prévoyance.
La réponse directe. À compter du 15 octobre 2026, un salarié en arrêt pour une affection de longue durée qui n'ouvre pas droit à une prise en charge des soins à 100 % ne perçoit plus d'indemnités journalières au-delà de 1 an, contre 3 ans auparavant (CSS art. R. 323-1). Les affections de longue durée exonérantes restent indemnisées pendant 3 ans. La fin des indemnités ne met pas fin à l'arrêt de travail, mais elle se répercute sur le maintien de salaire et sur la prévoyance.
Le régime dérogatoire vise les assurés atteints d'une affection de longue durée qui justifie une interruption de travail ou des soins continus de plus de 6 mois (CSS art. L. 324-1 et R. 324-1). Pour ces affections, la période d'indemnisation se calcule de date à date, affection par affection (CSS art. L. 323-1).
Le décret distingue désormais 2 situations. Lorsque l'affection ouvre droit à la limitation ou à la suppression de la participation de l'assuré, la durée maximale reste de 3 ans (CSS art. L. 160-14, 3° et 4°, et R. 323-1, 2°, a). Peu importe qu'elle figure sur la liste réglementaire des affections longues et coûteuses ou qu'elle soit reconnue hors liste par le service du contrôle médical.
Dans le cas contraire, qualifié d'ALD non exonérante, les indemnités journalières ne sont plus servies au-delà de 1 an (CSS art. R. 323-1, 2°, b). Pour la même affection, une nouvelle période de 1 an ne s'ouvre qu'après une reprise du travail d'au moins 1 an (même texte).
Le caractère exonérant ou non de l'affection résulte d'une décision de la caisse. Elle est prise au vu du protocole de soins établi par le médecin traitant et de l'avis du service du contrôle médical (CSS art. L. 324-1). Les arrêts relevant du droit commun ne changent pas : l'assuré ne peut toujours pas percevoir plus de 360 indemnités journalières sur une période quelconque de 3 ans (CSS art. R. 323-1, 3°).
Les nouvelles durées s'appliquent aux arrêts de travail prescrits à compter du 15 octobre 2026. Elles visent aussi les arrêts en cours à cette date lorsque l'incapacité de travail franchit le seuil de 6 mois à compter du 15 octobre 2026 (décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026, art. 3).
Le texte préserve les situations acquises. Les assurés qui, au 15 octobre 2026, bénéficient déjà de la procédure de l'article L. 324-1 du code de la sécurité sociale sans exonération conservent l'ancien régime jusqu'au terme de leur période de 3 ans (même article).
Un second décret, n° 2026-867 du 16 septembre 2026, retient la même logique pour les travailleurs indépendants, les ministres des cultes et les membres des congrégations et collectivités religieuses. Il s'applique aussi aux fonctionnaires de l'État et aux magistrats bénéficiant d'une durée d'indemnisation dérogatoire. Les assurés atteints d'une affection exonérante y conservent également une durée de 3 ans.
Depuis le 19 septembre 2026, l'assuré qui abuse de sa qualité pour obtenir la prescription d'un arrêt de travail non justifié s'expose à une pénalité financière (CSS art. R. 147-6, 2°, b). Celle-ci est prononcée par le directeur de la caisse, pour un montant fixé en fonction de la gravité des faits (CSS art. L. 114-17-1).
Cette sanction relève des rapports entre l'assuré et sa caisse. Le maintien de salaire légal n'est par ailleurs pas dû en cas de fraude avérée du salarié aux indemnités journalières, lorsque l'employeur en a été informé par l'organisme de sécurité sociale (C. trav. art. L. 1226-1). L'employeur conserve enfin la faculté de faire procéder à une contre-visite lorsqu'il maintient le salaire (même texte).
Le maintien de salaire légal constitue un complément aux indemnités journalières. Il suppose notamment une prise en charge du salarié par la sécurité sociale (C. trav. art. L. 1226-1).
Lorsque l'employeur maintient intégralement le salaire, il est subrogé de plein droit dans les droits du salarié aux indemnités journalières qui lui sont dues (CSS art. R. 323-11). Une fois la période de 1 an écoulée, aucune indemnité n'est plus due au titre de l'affection, et la subrogation n'a alors plus d'objet. Pour les arrêts concernés, l'échéance de cette période devient un point de contrôle de la paie.
Les garanties plus favorables prévues par la convention collective ou par un contrat de prévoyance obéissent à leurs propres stipulations. L'employeur a intérêt à les relire dès maintenant, en particulier lorsqu'elles se calculent sous déduction des indemnités journalières ou supposent leur versement.
La réforme limite la durée d'indemnisation, et non celle de l'arrêt de travail. Un salarié dont l'arrêt est prolongé au-delà de 1 an reste absent pour un motif médical, même sans indemnités journalières. Cette limitation ne se confond pas avec le plafonnement de chaque prescription, présenté dans notre article sur la durée maximale d'un arrêt de travail.
À l'expiration de la période d'indemnisation, l'état d'invalidité du salarié peut être apprécié (CSS art. L. 341-3, 2°). Une pension d'invalidité suppose toutefois une réduction d'au moins 2/3 de la capacité de travail ou de gain (CSS art. R. 341-2).
La reprise à temps partiel pour motif thérapeutique reste une voie de retour progressif. Les indemnités maintenues dans ce cadre ne peuvent excéder de plus de 1 an la période d'indemnisation applicable à l'affection (CSS art. R. 323-3).
La fin des indemnités ne modifie pas, par elle-même, les règles de rupture du contrat de travail. Un licenciement motivé par l'absence du salarié reste soumis aux conditions strictes exposées dans notre article consacré au licenciement pour absence prolongée.
La décision relative à l'exonération est notifiée à l'assuré (CSS art. L. 324-1). L'employeur ne peut donc anticiper l'échéance de 1 an qu'à partir des éléments que le salarié accepte de lui communiquer.
Au-delà de 30 jours d'arrêt, un rendez-vous de liaison peut réunir l'employeur et le salarié, en associant le service de prévention et de santé au travail (C. trav. art. L. 1226-1-3 et D. 1226-8-1). Il sert à informer le salarié des actions de prévention de la désinsertion professionnelle, de l'examen de préreprise et des mesures d'aménagement de son poste.
Le rendez-vous est organisé à l'initiative de l'employeur ou du salarié, et l'employeur doit informer ce dernier qu'il peut le solliciter (C. trav. art. L. 1226-1-3). Aucune conséquence ne peut être tirée d'un refus du salarié d'y participer (même texte).
Avec une indemnisation réduite à 1 an, ce rendez-vous permet d'envisager plus tôt une reprise adaptée ou un temps partiel thérapeutique. L'adaptation des procédures internes de suivi des absences longues fait partie des sujets traités en droit social de l'entreprise.
Il s'agit d'une affection de longue durée qui justifie un arrêt de travail ou des soins continus de plus de 6 mois (CSS art. L. 324-1 et R. 324-1). Elle n'ouvre pas droit à la limitation ou à la suppression de la participation de l'assuré aux frais de santé (CSS art. R. 323-1, 2°, b).
Elle se distingue de l'ALD exonérante, qui correspond à une affection inscrite sur la liste des affections comportant un traitement prolongé et une thérapeutique particulièrement coûteuse. L'ALD exonérante couvre aussi une affection grave, ou plusieurs affections invalidantes, reconnues hors liste par le service du contrôle médical (CSS art. L. 160-14, 3° et 4°). Avec le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026, seule l'ALD non exonérante voit ses indemnités journalières limitées à 1 an, à compter du 15 octobre 2026.
Tout dépend de la situation de l'assuré à cette date. Les nouvelles règles s'appliquent aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026. Elles visent aussi les arrêts en cours dont l'incapacité franchit le seuil de 6 mois à compter de cette date (décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026, art. 3).
En revanche, l'assuré qui bénéficiait déjà, au 15 octobre 2026, de la procédure de l'article L. 324-1 du code de la sécurité sociale sans exonération conserve une indemnisation sur 3 ans, jusqu'au terme de sa période en cours (même article). Les affections exonérantes ne sont pas concernées par la réduction.
Le versement des indemnités journalières cesse, mais l'arrêt de travail peut se poursuivre s'il reste médicalement justifié. À l'expiration de la période d'indemnisation, l'état d'invalidité peut être apprécié. Une pension n'est servie que si la capacité de travail ou de gain est réduite d'au moins 2/3 (CSS art. L. 341-3 et R. 341-2).
Une reprise à temps partiel pour motif thérapeutique peut également être envisagée, les indemnités ne pouvant alors excéder de plus de 1 an la période d'indemnisation (CSS art. R. 323-3). Pour une même affection, une nouvelle période de 1 an ne s'ouvre qu'après au moins 1 an de reprise du travail (CSS art. R. 323-1).
Le maintien de salaire légal complète les indemnités journalières et suppose notamment une prise en charge du salarié par la sécurité sociale (C. trav. art. L. 1226-1). L'employeur qui maintient intégralement le salaire est subrogé de plein droit dans les droits du salarié aux indemnités journalières qui lui sont dues (CSS art. R. 323-11).
Au-delà de la période de 1 an applicable en cas d'ALD non exonérante, aucune indemnité n'étant plus due, l'employeur ne peut plus compter sur leur remboursement. Les garanties plus favorables prévues par la convention collective ou par un contrat de prévoyance obéissent à leurs propres stipulations, qui méritent d'être relues au regard de cette nouvelle échéance.
Xavier Berjot, avocat associé, Cabinet SANCY Avocats. Publié le 25 septembre 2026.
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