Le salarié licencié pour inaptitude d’origine non professionnelle perçoit l’indemnité légale de licenciement, ou l’indemnité conventionnelle si elle est plus favorable. Son calcul obéit aux règles de droit commun, avec deux particularités : la durée du préavis non exécuté entre dans l’ancienneté, et le salaire de référence se détermine à partir de la période qui précède l’arrêt de travail. Aucune indemnité compensatrice de préavis ne s’y ajoute en principe. L’enjeu est concret pour les deux parties, l’arrêt de travail ayant souvent réduit la rémunération des derniers mois.
Le salarié titulaire d’un contrat à durée indéterminée, licencié alors qu’il compte 8 mois d’ancienneté ininterrompus au service du même employeur, a droit, sauf en cas de faute grave, à une indemnité de licenciement (C. trav. art. L. 1234-9). Le licenciement pour inaptitude n’étant pas un licenciement disciplinaire, la condition tenant à l’absence de faute grave est sans objet.
L’inaptitude d’origine professionnelle obéit à un régime distinct : le salarié perçoit alors une indemnité spéciale de licenciement égale, sauf dispositions conventionnelles plus favorables, au double de l’indemnité légale (C. trav. art. L. 1226-14).
En cas d’inaptitude non professionnelle, le préavis n’est pas exécuté et le contrat est rompu à la notification ; la durée de ce préavis est toutefois prise en compte pour le calcul de l’indemnité de licenciement (C. trav. art. L. 1226-4). Elle est d’un mois pour une ancienneté comprise entre 6 mois et moins de 2 ans et de 2 mois à partir de 2 ans, sauf durée plus favorable (C. trav. art. L. 1234-1).
Cette règle peut faire franchir un seuil au salarié. Un salarié comptant 9 ans et 11 mois d’ancienneté à la notification atteint ainsi 10 ans et 1 mois, ce qui fait jouer le taux majoré applicable aux années au-delà de 10 ans. Les règles du préavis en cas de licenciement pour inaptitude diffèrent selon l’origine de l’inaptitude.
Les circonstances qui entraînent la suspension du contrat ne rompent pas l’ancienneté du salarié appréciée pour la détermination du droit à l’indemnité de licenciement ; toutefois, la période de suspension n’entre pas en compte pour la détermination de la durée d’ancienneté exigée pour bénéficier de ce droit (C. trav. art. L. 1234-11).
L’arrêt pour maladie non professionnelle ne bénéficie pas de la règle propre aux accidents du travail et aux maladies professionnelles, dont la durée est prise en compte pour tous les avantages légaux ou conventionnels liés à l’ancienneté (C. trav. art. L. 1226-7). Il est recommandé aux deux parties de vérifier si la convention collective applicable assimile les périodes d’arrêt pour maladie à du temps de présence.
L’indemnité légale de licenciement ne peut être inférieure à un quart de mois de salaire par année d’ancienneté pour les années jusqu’à 10 ans, et à un tiers de mois de salaire par année d’ancienneté pour les années à partir de 10 ans (C. trav. art. R. 1234-2). En cas d’année incomplète, l’indemnité est calculée proportionnellement au nombre de mois complets (C. trav. art. R. 1234-1).
L’indemnité de licenciement ne se cumule pas avec toute autre indemnité de même nature (C. trav. art. R. 1234-5). Lorsque la convention collective prévoit une indemnité plus favorable, c’est elle qui est versée, sans s’ajouter à l’indemnité légale.
Le salaire à prendre en considération est, selon la formule la plus avantageuse pour le salarié, soit la moyenne mensuelle des 12 derniers mois précédant le licenciement, soit le tiers des 3 derniers mois, toute prime ou gratification de caractère annuel ou exceptionnel versée pendant ces 3 mois n’étant alors prise en compte qu’à due proportion (C. trav. art. R. 1234-4).
Lorsque le salarié a été en arrêt maladie, le salaire de référence est, selon la formule la plus avantageuse, « celui des douze ou des trois derniers mois précédant l’arrêt de travail pour maladie » (Cass. soc. 23-5-2017, n° 15-22.223, publié au Bulletin, cassation partielle avec renvoi). La Cour de cassation a visé, outre les textes sur l’indemnité, l’article L. 1132-1 relatif aux discriminations.
Lorsque le salarié se trouve en arrêt maladie à la date du licenciement et que cet arrêt fait suite à une période de temps partiel pour motif thérapeutique, le salaire de référence est, selon la formule la plus avantageuse, « celui des douze ou des trois derniers mois précédant le temps partiel thérapeutique » (Cass. soc. 5-3-2025, n° 23-20.172, publié au Bulletin, cassation partielle avec renvoi). La règle vaut pour l’indemnité légale comme pour l’indemnité conventionnelle.
Le salarié dont la rémunération a été réduite par un mi-temps thérapeutique ne subit donc pas cette réduction dans le calcul de son indemnité. L’employeur doit, pour sa part, reconstituer les salaires de la période antérieure au temps partiel.
Un exemple illustre ces règles. Un salarié a perçu, avant son arrêt de travail, 2 900 euros par mois pendant 9 mois puis 3 200 euros par mois pendant 3 mois, ainsi qu’une prime annuelle de 2 400 euros au cours de ces 3 derniers mois :
Si ce salarié compte 12 ans et 4 mois d’ancienneté à la notification, les 2 mois de préavis portent son ancienneté à 12 ans et 6 mois. L’indemnité légale s’élève à 11 333,33 euros, soit 8 500 euros pour les 10 premières années et 2 833,33 euros pour les 2 ans et 6 mois suivants.
La convention collective peut prévoir une indemnité de licenciement plus favorable que l’indemnité légale ; le salarié perçoit alors la plus élevée des deux, compte tenu de la règle de non-cumul (C. trav. art. R. 1234-5). La règle du salaire de référence antérieur au temps partiel thérapeutique s’applique aussi à l’indemnité conventionnelle (Cass. soc. 5-3-2025, n° 23-20.172, publié au Bulletin).
Certaines conventions réservent leur indemnité à des motifs déterminés. Aucune décision publiée lue ne tranche, de manière générale, le sort d’une stipulation qui exclurait le licenciement pour inaptitude ; il est recommandé de lire avec attention les conditions posées par la convention applicable.
Lorsque le contrat est rompu avant que le salarié ait pu bénéficier de la totalité du congé auquel il avait droit, il reçoit une indemnité compensatrice de congés payés (C. trav. art. L. 3141-28). Les périodes de suspension pour arrêt de travail lié à un accident ou à une maladie non professionnel sont considérées comme du temps de travail effectif pour l’acquisition des congés, à raison de 2 jours ouvrables par mois (C. trav. art. L. 3141-5 ; C. trav. art. L. 3141-5-1).
Aucune indemnité compensatrice de préavis n’est en principe due, et donc aucune indemnité de congés payés sur un tel préavis (C. trav. art. L. 1226-4). La situation est différente lorsque l’inaptitude est imputable à un manquement de l’employeur : la Cour de cassation a admis que la salariée dont l’inaptitude résultait d’un manquement à l’obligation de sécurité perçoive une indemnité compensatrice du préavis dont l’inexécution était imputable à l’employeur (Cass. soc. 29-6-2017, n° 15-15.775, publié au Bulletin).
Les indemnités dues au salarié licencié dans le cas visé à l’article L. 1226-2-1, c’est-à-dire pour inaptitude d’origine non professionnelle, sont prises en charge soit directement par l’employeur, soit au titre des garanties qu’il a souscrites à un fonds de mutualisation, dont la gestion est confiée à l’association prévue à l’article L. 3253-14 (C. trav. art. L. 1226-4-1). Ce mécanisme ne modifie ni le montant de l’indemnité ni le droit du salarié à la percevoir.
L’indemnité de licenciement est exonérée d’impôt sur le revenu au moins à hauteur du montant de l’indemnité prévue par la convention collective de branche, par l’accord professionnel ou interprofessionnel ou, à défaut, par la loi, ce montant étant l’un des plafonds d’exonération fixés par le texte (CGI art. 80 duodecies). Selon le Bulletin officiel de la sécurité sociale (BOSS), elle est exclue de l’assiette des cotisations sociales pour sa fraction non imposable, dans la limite de 2 fois le plafond annuel de la sécurité sociale, soit 96 120 euros en 2026 (BOSS Indemnités de rupture § 320).
Au-delà de 10 fois ce plafond, soit 480 600 euros en 2026, les indemnités de rupture sont intégralement soumises à cotisations (BOSS Indemnités de rupture § 340). Les sommes versées figurent sur le reçu pour solde de tout compte, qui peut être dénoncé dans les 6 mois suivant sa signature et devient ensuite libératoire pour les sommes qui y sont mentionnées (C. trav. art. L. 1234-20). L’ensemble de ces sommes s’inscrit dans le licenciement pour inaptitude.
Xavier Berjot, avocat associé, Cabinet SANCY Avocats. État du droit au 1er novembre 2026.
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