L’indemnisation du salarié de l’officine malade ou en congé de maternité dépend de sa catégorie dans la convention collective de la pharmacie d’officine. Le non-cadre est indemnisé par le régime de prévoyance de la branche, à hauteur de 82 % de son salaire brut à partir du 4e jour d’arrêt, tandis que l’assimilé cadre et le cadre bénéficient, après 1 an de présence, d’un maintien de salaire à la charge de l’employeur. Ces garanties ne dispensent pas le titulaire de verser l’indemnité complémentaire légale, plus favorable pendant une partie de l’arrêt. L’absence prolongée ouvre enfin une période de garantie d’emploi, que le titulaire doit respecter avant d’envisager le remplacement définitif du salarié.
La convention collective nationale de la pharmacie d’officine du 3 décembre 1997 (IDCC 1996), conclue entre les organisations de pharmaciens titulaires et les syndicats de salariés, a été étendue par arrêté du 13 août 1998, ce qui la rend obligatoire pour toutes les officines. Son article 16 règle l’absence pour maladie ou accident.
Le salarié doit informer sans délai le titulaire de son absence et lui communiquer l’avis d’arrêt de travail ou un certificat médical dans les 3 jours suivant le premier jour d’absence. À défaut, et sauf force majeure, il commet une faute susceptible d’une sanction disciplinaire (CCN pharmacie d’officine art. 16, 1).
Le droit à l’indemnité complémentaire légale reste toutefois subordonné à une justification dans les 48 heures. Elle est aussi exclue en cas de fraude avérée aux indemnités journalières (C. trav. art. L. 1226-1).
L’employeur qui verse cette indemnité peut faire procéder à une contre-visite médicale par un médecin qu’il mandate. Ce médecin se prononce sur le caractère justifié de l’arrêt et de sa durée, et l’employeur transmet sans délai sa conclusion au salarié (C. trav. art. L. 1226-1 ; C. trav. art. R. 1226-11 et R. 1226-12).
Le non-cadre, c’est-à-dire le salarié dont le coefficient est inférieur à 330, est indemnisé par le régime de prévoyance des non-cadres de la branche, quelle que soit son ancienneté (CCN pharmacie d’officine art. 16, 2).
Ce régime lui verse, à partir du 4e jour d’arrêt, une indemnité journalière égale à 82 % de son traitement brut de base, calculé sur les 12 derniers mois, sous déduction des indemnités journalières de la sécurité sociale. L’indemnité est due dès le 1er jour en cas d’accident du travail, de maladie professionnelle ou d’accident de trajet (CCN pharmacie d’officine annexe IV.1 art. 2 et 5).
Elle est versée par l’intermédiaire du titulaire, tant que la sécurité sociale indemnise le salarié. Le total perçu ne peut dépasser le salaire net des 12 derniers mois, et la franchise de 3 jours s’applique à chaque nouvel arrêt (CCN pharmacie d’officine annexe IV.1 art. 5 et 7).
Le Code du travail garantit au salarié ayant 1 an d’ancienneté une indemnité complémentaire égale à 90 % de sa rémunération brute pendant 30 jours, puis aux deux tiers pendant 30 jours. Ces durées augmentent de 10 jours par période de 5 ans d’ancienneté au-delà de la première année, sans dépasser 90 jours chacune (C. trav. art. L. 1226-1, D. 1226-1 et D. 1226-2).
L’indemnisation légale court à partir du 8e jour d’absence, ou du 1er jour en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, à l’exclusion de l’accident de trajet. Les durées s’apprécient sur 12 mois (C. trav. art. D. 1226-3 et D. 1226-4).
La convention réserve expressément l’application de cette règle (CCN pharmacie d’officine art. 16, 2). Or, pour un non-cadre d’au moins 1 an d’ancienneté, les 82 % de la prévoyance sont inférieurs aux 90 % légaux pendant les 30 premiers jours d’indemnisation légale.
Seules se déduisent de l’indemnité légale les indemnités journalières et la part des prestations de prévoyance résultant des versements de l’employeur, alors que le salarié finance une partie de la cotisation d’arrêt de travail du régime de base (C. trav. art. D. 1226-5 ; Avenant du 28-4-2025 art. 2).
Un complément peut donc rester dû par le titulaire, même si la prévoyance verse 82 %. Il est recommandé de refaire ce calcul à chaque arrêt.
L’assimilé cadre, dont le coefficient est compris entre 330 inclus et 400 exclu, bénéficie après 1 an de présence du maintien de sa rémunération brute du 4e au 30e jour d’absence, dès le 1er jour en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle. Ce maintien est versé à l’échéance habituelle de la paie, que les prestations aient été reçues ou non (CCN pharmacie d’officine art. 16, 2).
Le cadre, à partir du coefficient 400, comme le pharmacien adjoint, bénéficie après 1 an de présence du maintien intégral de son salaire net dès le 1er jour et pendant 6 mois, sous déduction des prestations de la sécurité sociale et de la prévoyance. Il acquiert 1 mois supplémentaire par tranche de 3 ans de présence au-delà des 3 premières années, dans la limite de 12 mois au total (CCN pharmacie d’officine, disp. cadres art. 2, 1).
Pour l’un comme pour l’autre, l’arrêt en cours au moment où l’année de présence est atteinte n’ouvre pas droit au maintien. Le régime de prévoyance des cadres et assimilés prend ensuite le relais selon les franchises de l’annexe IV.2 (CCN pharmacie d’officine art. 16, 2 ; CCN pharmacie d’officine annexe IV.2 IV).
La durée du congé de maternité est fixée par le Code du travail, auquel renvoie la convention : en principe 6 semaines avant la date présumée de l’accouchement et 10 semaines après (CCN pharmacie d’officine art. 17, 3 ; C. trav. art. L. 1225-17).
La salariée enceinte bénéficie d’autorisations d’absence rémunérées pour les examens médicaux obligatoires (CCN pharmacie d’officine art. 17, 2 ; C. trav. art. L. 1225-16).
Pendant les congés de maternité, de paternité ou d’adoption, le non-cadre perçoit du régime de prévoyance 82 % de son traitement brut de base, sous déduction des prestations de la sécurité sociale (CCN pharmacie d’officine annexe IV.1 art. 8). Le cadre ayant 1 an de présence bénéficie du maintien intégral de son salaire net (CCN pharmacie d’officine, disp. cadres art. 3).
Le titulaire ne peut rompre le contrat d’une salariée en état de grossesse médicalement constaté, pendant le congé de maternité et les 10 semaines qui suivent, sauf faute grave non liée à la grossesse ou impossibilité de maintenir le contrat (C. trav. art. L. 1225-4). À propos d’une préparatrice, la Cour de cassation a censuré, pour défaut de base légale, une cour d’appel qui avait limité cette protection aux périodes de suspension, alors que l’employeur connaissait la grossesse et que la faute grave était écartée (Cass. soc. 11-5-2023, n° 21-22.281, publié au Bulletin).
Le salarié arrêté bénéficie d’une garantie d’emploi de 4 mois s’il a moins de 2 ans d’ancienneté et de 6 mois au-delà, durée portée à 6 mois pour tous les cadres. Le titulaire ne peut le licencier en raison de son absence pendant cette période, appréciée sur les 12 mois qui précèdent le licenciement (CCN pharmacie d’officine art. 16, 3 ; CCN pharmacie d’officine, disp. cadres art. 2, 2).
Au-delà, le licenciement n’est possible que s’il est motivé par la nécessité de pourvoir au remplacement définitif d’un salarié dont l’absence prolongée ou les absences répétées perturbent le fonctionnement de l’officine. Le salarié est alors dispensé de préavis et perçoit l’indemnité compensatrice, et le cadre bénéficie d’une priorité de réembauche de 1 an (CCN pharmacie d’officine art. 16, 3 ; CCN pharmacie d’officine, disp. cadres art. 2, 2).
La garantie n’interdit ni le licenciement pour inaptitude, ni le licenciement économique, ni le licenciement disciplinaire, limité à la faute grave en cas d’arrêt d’origine professionnelle (CCN pharmacie d’officine art. 16, 3). Pendant un tel arrêt, la loi n’admet la rupture que pour faute grave ou impossibilité de maintenir le contrat pour un motif étranger à l’accident ou à la maladie, ce qui exclut le licenciement pour remplacement définitif (C. trav. art. L. 1226-9).
L’officine est tenue d’employer un nombre minimal de pharmaciens adjoints selon son activité (Arrêté du 21-2-2022 art. 2). Lorsqu’un adjoint recruté à ce titre s’absente pendant plus d’un mois, il doit être remplacé dans les conditions prévues pour le remplacement du titulaire : par un pharmacien et, pour une absence de 1 à 4 mois, également par un étudiant en pharmacie remplissant les conditions réglementaires (CSP art. R. 5125-42 et R. 5125-39).
Les garanties de prévoyance de la branche restent maintenues pendant l’arrêt indemnisé, comme pour les autres absences du salarié de l’officine indemnisées (CCN pharmacie d’officine annexe IV.1 point 5).
Xavier Berjot, avocat associé, Cabinet SANCY Avocats. État du droit au 30 octobre 2026.
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