Lorsqu’un salarié agricole est en arrêt de travail pour maladie, la caisse de mutualité sociale agricole (MSA) lui verse des indemnités journalières, que l’employeur complète dans les conditions fixées par le code du travail. La convention collective nationale de la production agricole ne prévoit aucun maintien de salaire propre, de sorte que seule la garantie légale s’impose au niveau national, relayée ensuite par le régime de prévoyance de branche. Cette garantie exclut les salariés saisonniers et suppose un an d’ancienneté. L’enjeu pour l’exploitant est de calculer exactement le complément dû, d’organiser le contrôle de l’arrêt et de gérer les absences longues sans exposer l’exploitation à un litige.
Les caisses de MSA servent aux salariés agricoles les prestations de l’assurance maladie prévues par le code de la sécurité sociale, dont les règles leur sont rendues applicables, la caisse de MSA tenant lieu de caisse primaire d’assurance maladie (C. rur. art. L. 742-3). L’indemnité journalière de maladie est ainsi due à compter du « quatrième jour de l’incapacité de travail » (CSS art. R. 323-1).
Les 3 premiers jours d’arrêt ne donnent donc lieu à aucune indemnité journalière, seul un accord territorial, un accord d’entreprise ou le contrat pouvant prévoir un maintien de salaire pendant cette période. Les arrêts consécutifs à un accident du travail ou à une maladie professionnelle relèvent d’un régime distinct, celui de l’accident du travail du salarié agricole.
La convention collective nationale de la production agricole et CUMA du 15 septembre 2020 (IDCC 7024), signée par la Fédération nationale des syndicats d’exploitants agricoles (FNSEA), la Fédération nationale des coopératives d’utilisation de matériel agricole (FNCUMA) et cinq fédérations de salariés (CFDT, CGT, FO, CFTC, CFE-CGC), puis étendue par arrêté du 2 décembre 2020 publié au Journal officiel du 10 janvier 2021, sous réserves et exclusion, ne comporte aucune stipulation sur le maintien de salaire en cas de maladie. La loi s’applique donc, à la différence d’autres absences du salarié agricole, comme les congés pour événements familiaux, que la convention organise elle-même.
Le salarié qui compte une année d’ancienneté dans l’entreprise bénéficie d’une indemnité complémentaire aux indemnités journalières à 3 conditions :
Les salariés travaillant à domicile, les salariés saisonniers, les salariés intermittents et les salariés temporaires sont exclus de cette garantie, qui ne s’applique pas non plus en cas de fraude avérée du salarié pour obtenir les indemnités journalières, dont l’employeur a été informé dans les conditions prévues par le code de la sécurité sociale (C. trav. art. L. 1226-1). Le saisonnier n’a donc droit à aucun complément légal, même lorsqu’il revient chaque année sur l’exploitation.
L’employeur verse, « Pendant les trente premiers jours, 90 % de la rémunération brute » que le salarié aurait perçue s’il avait travaillé, puis les deux tiers de cette rémunération pendant les 30 jours suivants (C. trav. art. D. 1226-1). Ces durées sont augmentées de 10 jours par période entière de 5 ans d’ancienneté en sus de l’année requise, sans pouvoir dépasser 90 jours chacune (C. trav. art. D. 1226-2). Un ouvrier de 6 ans d’ancienneté perçoit ainsi 90 % pendant 40 jours, puis les deux tiers pendant 40 jours.
L’indemnisation court à compter du premier jour d’absence en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, à l’exclusion de l’accident de trajet, et au-delà de 7 jours d’absence dans les autres cas (C. trav. art. D. 1226-3). Pour chaque période de paie, il est tenu compte des indemnités déjà versées au cours des 12 mois antérieurs, la durée totale ne pouvant excéder les limites ci-dessus (C. trav. art. D. 1226-4).
Sont déduites de l’indemnité complémentaire les indemnités journalières versées par la MSA ainsi que, pour un régime de prévoyance, la seule part des prestations résultant des versements de l’employeur (C. trav. art. D. 1226-5). Il est dès lors recommandé à l’exploitant de se faire communiquer les relevés d’indemnités journalières avant de régulariser la paie.
L’accord national du 10 juin 2008 sur une protection sociale complémentaire en agriculture, signé notamment par la FNSEA, la FNCUMA et cinq fédérations de salariés, étendu par arrêté du 3 décembre 2008 et modifié en dernier lieu par l’avenant n° 8 du 28 octobre 2024, étendu par arrêté du 5 novembre 2025, s’applique aux non-cadres par renvoi de la convention nationale (CCN production agricole art. 6.2). Il organise une indemnité journalière complémentaire égale à « 15 % du salaire journalier de référence » pour les salariés non cadres d’au moins 6 mois d’ancienneté continue (Accord du 10-6-2008 art. 5.1 et 5.5.2). Elle intervient en relais de la garantie légale et n’est versée qu’à l’expiration des durées d’indemnisation dues par l’employeur (Accord du 10-6-2008 art. 5.5.2).
Le salarié ayant au moins 6 mois d’ancienneté, mais pas l’ancienneté requise pour le complément de l’employeur, perçoit cette indemnité à compter du 61e jour d’absence en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, hors accident de trajet, et du 71e jour dans les autres cas. Elle cesse au plus tard au 1 095e jour d’arrêt (Accord du 10-6-2008 art. 5.5.2). La prévoyance des salariés agricoles assure ainsi un relais tardif, mais réel, au profit de salariés que la loi ne couvre pas.
L’application de ce relais aux saisonniers, exclus de la garantie légale non pour défaut d’ancienneté mais par la loi, n’est pas tranchée par la lettre de l’accord. Un accord territorial de prévoyance peut en outre être plus favorable, comme l’avenant n° 220 du 13 octobre 2025 de la convention viticole de la Champagne délimitée, qui porte le complément à 90 % du salaire brut à partir du 151e jour, étendu par arrêté du 13 mai 2026 avec exclusions.
L’employeur qui verse le complément légal peut faire procéder à une contre-visite. Dès le début de l’arrêt, le salarié lui communique son lieu de repos s’il diffère de son domicile et, si l’arrêt l’autorise à sortir librement, les horaires auxquels la contre-visite peut s’effectuer (C. trav. art. R. 1226-10).
La contre-visite est effectuée par un médecin mandaté par l’employeur, au domicile du salarié sans délai de prévenance ou au cabinet du médecin sur convocation (C. trav. art. R. 1226-11). Le médecin indique à l’employeur si l’arrêt est justifié ou non, ou si le contrôle a été impossible du fait du salarié, et l’employeur « transmet sans délai cette information au salarié » (C. trav. art. R. 1226-12).
Aucun salarié ne peut être licencié en raison de son état de santé (C. trav. art. L. 1132-1). La Cour de cassation admet toutefois le licenciement motivé par la situation objective de l’entreprise, dont le fonctionnement est perturbé par l’absence prolongée ou les absences répétées du salarié, lorsque cette perturbation rend nécessaire son remplacement définitif. Ce remplacement doit intervenir à une date proche du licenciement ou dans un délai raisonnable après celui-ci, apprécié souverainement par les juges du fond ; la Cour a ainsi approuvé une cour d’appel qui avait jugé raisonnable un délai de 6 mois pour le poste de directeur d’une association (Cass. soc. 24-3-2021, n° 19-13.188, publié au Bulletin).
Le licenciement ainsi motivé ne constitue pas à lui seul un élément laissant supposer une discrimination liée à l’état de santé ; en revanche, faute pour l’employeur de justifier de la désorganisation et du remplacement dans un délai raisonnable, il n’est pas nul mais dépourvu de cause réelle et sérieuse (Cass. soc. 9-9-2026, n° 25-14.356, publié au Bulletin).
Dans une petite exploitation, l’absence d’un chef de culture ou d’un tractoriste qualifié peut désorganiser les travaux. L’embauche d’un remplaçant sous contrat à durée déterminée paraît toutefois difficilement conciliable avec l’exigence d’un remplacement définitif par l’engagement d’un autre salarié. Il est dès lors recommandé à l’exploitant de documenter précisément la désorganisation et de prévoir un recrutement en contrat à durée indéterminée à une date proche du licenciement, après avoir examiné la situation avec un avocat en inaptitude et maladie.
Xavier Berjot, avocat associé, Cabinet SANCY Avocats. État du droit au 10 novembre 2026.
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