Le salarié malade d’un établissement sanitaire, social ou médico-social perçoit des indemnités journalières de la sécurité sociale après un délai de carence de 3 jours, complétées par l’employeur. Le Code du travail garantit 90 % de la rémunération brute à partir du 8e jour d’arrêt, après 1 an d’ancienneté. Les conventions collectives de 1966 et FEHAP sont nettement plus favorables : elles maintiennent le salaire net pendant plusieurs mois, la première dès le premier jour, la seconde après une retenue des trois premiers jours sauf hospitalisation. L’employeur doit appliquer la garantie la plus favorable, en tenant compte des prestations de prévoyance.
L’indemnité journalière de l’assurance maladie est due pour chaque jour ouvrable ou non, à l’expiration d’un délai suivant le point de départ de l’incapacité (CSS art. L. 323-1). Ce point de départ est fixé au quatrième jour de l’incapacité de travail ; pour les affections hors affection de longue durée, l’assuré ne peut percevoir plus de 360 indemnités journalières sur une période de 3 ans (CSS art. R. 323-1).
Pour les affections de longue durée, le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 a fixé la durée maximale d’indemnisation à 3 ans lorsque la participation de l’assuré aux frais de soins est limitée ou supprimée, et à 1 an dans les autres cas, chaque durée courant à nouveau après 1 an de reprise du travail ; cette rédaction s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 et, dans les conditions prévues par le décret, aux arrêts en cours à cette date (CSS art. R. 323-1).
L’indemnité journalière est égale à la moitié du revenu d’activité antérieur (CSS art. R. 323-5). Ce revenu correspond à 1/91,25 des salaires des trois derniers mois, dans la limite d’un plafond égal à 1,4 fois le salaire minimum interprofessionnel de croissance (Smic) mensuel (CSS art. R. 323-4).
Le Smic mensuel étant de 1 867,02 euros pour 35 heures hebdomadaires depuis le 1er juin 2026 (Arrêté du 22-5-2026 art. 1er), le salaire pris en compte est plafonné à 2 613,83 euros par mois, et l’indemnité journalière maximale atteint 42,97 euros. Pour un aide médico-psychologique payé 2 400 euros bruts par mois, l’indemnité journalière est de 39,45 euros (7 200 / 91,25 / 2).
Le salarié qui a 1 an d’ancienneté bénéficie d’une indemnité complémentaire à l’indemnité journalière, à condition d’avoir justifié de son incapacité dans les 48 heures, d’être pris en charge par la sécurité sociale et d’être soigné en France ou dans un autre État de l’Union européenne ou de l’Espace économique européen (C. trav. art. L. 1226-1). Depuis le 27 juin 2026, cette indemnité n’est pas due en cas de fraude avérée du salarié aux indemnités journalières dont l’employeur a été informé par la caisse (C. trav. art. L. 1226-1).
L’employeur garantit 90 % de la rémunération brute que le salarié aurait perçue pendant 30 jours, puis les deux tiers pendant les 30 jours suivants (C. trav. art. D. 1226-1). Ces durées sont augmentées de 10 jours par période entière de 5 ans d’ancienneté au-delà de la première année, sans pouvoir dépasser 90 jours chacune (C. trav. art. D. 1226-2).
L’indemnisation commence au-delà de 7 jours d’absence en cas de maladie, et dès le premier jour en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle (C. trav. art. D. 1226-3). Les indemnités journalières et la part patronale des prestations de prévoyance sont déduites (C. trav. art. D. 1226-5).
Dans la convention collective nationale de travail des établissements et services pour personnes inadaptées et handicapées du 15 mars 1966 (IDCC 413), non étendue, le salarié qui compte 1 an de présence reçoit, sous déduction des indemnités journalières et des prestations de prévoyance, son salaire net pendant 3 mois, puis le demi-salaire net pendant les 3 mois suivants (CCN 1966 art. 26). L’article ne prévoit pas de délai de carence : la garantie joue dès le premier jour d’arrêt.
Les droits s’apprécient sur les 12 mois consécutifs précédant l’arrêt, et le salarié indemnisé pendant 6 mois au cours d’une même période de 12 mois doit reprendre effectivement le travail pendant 6 mois avant d’en bénéficier de nouveau (CCN 1966 art. 26). Les cadres bénéficient de 6 mois à plein salaire net puis de 6 mois à demi-salaire (CCN 1966 annexe 6 art. 6), et le régime des accidents du travail et maladies professionnelles s’applique dès le premier jour d’embauche (CCN 1966 art. 27).
Selon un arrêt non publié, pour calculer le salaire maintenu au titre de l’article 26, les indemnités journalières « sont retenues pour leur montant brut avant précompte des contributions sociales » (Cass. soc. 5-4-2018, n° 16-18.011). L’employeur complète donc la différence entre le salaire net et l’indemnité journalière brute, et non nette.
À partir du 91e jour d’arrêt, apprécié sur 12 mois, le régime conventionnel de prévoyance verse des indemnités journalières complémentaires égales à 78 % du salaire brut (Avenant n° 322 du 8-10-2010 art. 4). Ces prestations viennent en déduction du maintien de salaire ; leur régime relève de la prévoyance conventionnelle du secteur.
La convention collective nationale des établissements privés d’hospitalisation, de soins, de cure et de garde à but non lucratif du 31 octobre 1951, dite FEHAP (IDCC 29), non étendue, réserve les indemnités complémentaires aux salariés qui comptent au moins 12 mois de travail effectif, continu ou non, dans l’établissement (CCN FEHAP art. 13.01.2.1). Le salarié doit informer l’employeur au plus vite et lui adresser un certificat médical dans les 2 jours (CCN FEHAP art. 13.01.1).
Les indemnités ne sont dues que lorsque l’arrêt ouvre droit aux indemnités journalières, mais elles sont versées dès le premier jour en cas d’hospitalisation (CCN FEHAP art. 13.01.2.2). Lorsqu’elles ne sont pas versées pendant les trois premiers jours, une somme correspondant aux heures non effectuées ces jours-là est déduite (CCN FEHAP art. 13.01.2.4). Pour les affections de longue durée, elles sont servies dès le point de départ de chaque arrêt (CCN FEHAP art. 13.01.2.3).
Le complément assure au salarié l’équivalent de son salaire net entier, hors prime décentralisée ; le cadre perçoit son salaire net entier pendant 6 mois, puis la moitié pendant 6 mois (CCN FEHAP art. 13.01.2.4). Les indemnités cessent lorsque le non-cadre a été absent plus de 180 jours sur 12 mois consécutifs, ou le cadre plus de 12 mois consécutifs, et les droits ne renaissent qu’après 6 mois de reprise, 12 mois pour les cadres (CCN FEHAP art. 13.01.2.2).
En cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, les indemnités complémentaires sont versées dès le premier jour par la caisse de prévoyance à laquelle l’employeur a adhéré, jusqu’à la fin des indemnités journalières (CCN FEHAP art. 14.01.4).
Soit un aide médico-psychologique ayant 4 ans d’ancienneté, payé 2 400 euros bruts par mois, en arrêt de maladie pendant 30 jours, sans hospitalisation. La sécurité sociale lui verse 27 indemnités journalières de 39,45 euros, du 4e au 30e jour, soit 1 065,15 euros.
Au titre du seul Code du travail, l’employeur ne doit rien du 1er au 7e jour. Du 8e au 30e jour, il garantit 90 % du salaire : en retenant par simplification une rémunération journalière de 80 euros (2 400 / 30), la garantie s’élève à 1 656 euros (23 x 72), sous déduction de 907,35 euros d’indemnités journalières (23 x 39,45), soit un complément de 748,65 euros.
Dans la convention de 1966, le salarié perçoit son salaire net intégral pour les 30 jours, l’employeur complétant les indemnités journalières brutes dès le premier jour. Dans la convention FEHAP, il perçoit aussi son salaire net intégral, hors prime décentralisée, mais sous déduction des heures correspondant aux trois premiers jours. L’écart avec la loi porte donc sur les jours de carence, sur le passage du brut au net et sur la durée de la garantie.
Les absences prolongées soulèvent ensuite la question des congés payés acquis pendant la maladie et, le cas échéant, du licenciement pour absences prolongées ou répétées. L’accompagnement de l’arrêt maladie et de l’inaptitude côté employeur suppose de vérifier, pour chaque arrêt, la convention applicable, l’ancienneté et la période de référence de 12 mois.
Xavier Berjot, avocat associé, Cabinet SANCY Avocats. État du droit au 13 novembre 2026.
Le premier échange est gratuit. 30 minutes pour comprendre votre situation, identifier les enjeux et vous orienter. Sans engagement.
